Nació en Guasdualito, en 1814.Su padre de descendiente de alta prosapia castellana , era rico propietario del Apure, donde tenia uno de los mejores hatos de aquellas regiones. Muerto a consecuencia de las fatigas e inquietudes que le causó la guerra de la independencia, dejó varios pequeñuelos, a la protección de una madre amorosa y buena, la cual, no obstante su juventud, supo cumplir los grandes deberes que cayeron sobre sus hombros al extinguirse el compañero de sus días. Llena de nobles y generosas aspiraciones, quiso educar a uno de sus hijos en el centro europeo; y en 1821, envió a Londres a José Gregorio, niño que apenas abría los ojos a la luz de la razón. Diez y seis años pasó bajo aquel cielo nebuloso, contraído a estudios serios, que lo hicieron hombre cuando apenas ostentaba en la nívea sien los dorados resplandores de la juventud. terminada su educación, regresó en 1837 al seno de su familia, y poco tiempo después, elegido Diputado al Congreso por la Provincia de Barinas, se trasladó a la Capital de la Republica en cumplimiento de su mandato.

La buena acogida que tuvo en el seno de la sociedad caraqueña, y los nuevos horizontes que vio abrirse en su rumbo, al porvenir, lo decidieron a encargar a su hermano Domingo de la casa paterna y de los cuantiosos bienes de la familia, para de este modo corresponder a la exigencia que le hizo el General Páez, de servir al Gobierno Nacional en el ramo de las Relaciones Exteriores .Luego, nombrado Representante de Venezuela en Nueva Granada, se traslado a Bogotá, y allí contrajo matrimonio con la honorable Señorita Margarita Quevedo, la cual, con sus talentos, su bondad y caricias, contribuyó a hacerles amables y placenteros los días de la existencia. Terminada la misión, regresó a Caracas, y en la Capital sirvió diferentes empleos, entre otros, la cátedra del idioma ingles, en la Universidad En 1868 fue nombrado, por parte de Venezuela y en sustitución del Señor Francisco Conde, Miembro de la Comisión Mixta que conoció y decidió sobre varias reclamaciones norteamericanas, puesto que desempeñó con brillo, como se ve en el informe que en julio del mismo año, rindió al Gobierno Nacional. Para esta época era también secretario privado del Señor Antonio Leocadio Guzmán, a quien acompañó varios años .

Las evoluciones de la política y la necesidad de reposo para su agitada existencia, lo llevaron al Táchira, que lo recibió como huésped distinguido, y al cual el correspondió, fijando allí su residencia definitiva .Mas de treinta años vivió en esa su segunda tierra, donde dio los mas altos ejemplos de una vida consagrada toda a rendir culto ferviente al trabajo, a la honradez y el bien

Deseando que los pueblos de Táchira estuviesen en comunicación inmediata con el Lago de Maracaibo, pensó en la construcción de una vida férrea entre Puerto Villamar y San Carlos del Zulia, y el mismo, con su infatigable actividad, trabajando como ingeniero y como menestral, estuvo en esas montañas vírgenes, donde el tigre y la serpiente aun no habían oído el ruido de el hacha, ni siquiera el disparo del fusil .Diversos viaje hizo a la Capital de la Republica para obtener del Gobierno Nacional la realización de aquella vía; pero al fin sus trabajos fueron infructuosos, y desencantado y triste, abandonó aquella empresa que lo habían llenado por algún tiempo de doradas ilusiones y lisonjeras esperanzas.

En 1874 publicó en la Opinión Nacional, una serie de estudios sobre el Táchira, dedicados a su amigo intimo Doctor Arístides Rojas, y los cuales revelan el talento observador y los conocimientos múltiples que adornaban al Señor Villafañe. Dichos estudios fueron editados en volumen con el nombre de ``Apuntes Estadísticos del Estado Táchira``, por orden del General Guzmán Blanco en 1877; y podrían editarse varios volúmenes con los numerosos artículos que sobre temas sociales , políticos y económicos; sobre comercio, artes, agricultura, en industria publicó en diferentes periódicos del país.

Pronunciado por la Reina Regente de España el Laudo arbitral en nuestra cuestión de limites con Colombia, el Señor Villafañe lo comentó en un folleto, con tal lucidez jurídica y conocimientos prácticos de la materia, que es lo mejor que se escribió sobre aquella celebre sentencia que dio motivo para tantos juicios y opiniones encontradas .Fue el primero que demostró con pruebas irrefutables, lo injusto de aquel fallo y la necesidad de negarse a su cumplimiento por adolecer de nulidad, ya que el arbitro se había excedido decidiendo puntos que las partes no lo sometieron a su jurisdicción.

El Señor Villafañe murió en San Cristóbal, en septiembre de 1894. Tenia 80 años, dignamente empleados en una vida adornadas por las mas bellas virtudes publicas y privadas. Se había hecho acreedor a las mas altas consideraciones publicas, y la sociedad tachirense supo manifestárselo así, con la pompa que desplegó en sus exequias fúnebres y las manifestaciones de duelo que le tributó a la prensa en general.